Pjesë e zbatimit të sistemit EAMIS janë integrimet me sistemet e tjera qeveritare, si: AFMIS, IPSIS dhe ATRAKO. Lidhja me këto sisteme do të arrihet përmes platformës së Qeverisë dhe infrastruktura themelore tashmë është implementuar dhe testuar, së bashku me specifikimet teknike të shërbimeve të internetit që do të përdoren për shkëmbimin e të dhënave ndërmjet sistemeve. Ekipet janë duke realizuar ndryshimet e fundit në lidhje me shkëmbimin e të dhënave midis sistemeve para përfundimit të integrimit.

Përveç sistemeve qeveritare, EAMIS do të lidhet dhe do të marrë të dhënat e projekteve nga sistemet e partnerëve për zhvillim dhe integrim, siç është me sistemin e Bankës Botërore. Ekipet kanë filluar tashmë testimin në mjedis real për të dy sistemet dhe presin që së shpejti të përfundojnë këtë fazë.

Nga ana tjetër, pritet që për disa partnerë zhvillimi dhe integrimi, të dhënat në lidhje me projektet e zbatuara në Shqipëri do të merren nga platforma IATI (Platforma e Transparencës së Ndihmës Ndërkombëtare). IATI po kalon një ristrukturim të API-t të tyre dhe të databazës dhe integrimi me këtë platformë do të rifillojë pasi të zhvillohet plotësisht API i ri.