Pjesë e zbatimit të sistemit EAMIS janë integrimet me sistemet e tjera qeveritare, si: AFMIS, IPSIS dhe ATRAKO. Lidhja me këto sisteme do të arrihet përmes platformës së Qeverisë dhe infrastruktura themelore tashmë është implementuar dhe testuar, së bashku me specifikimet teknike të shërbimeve të internetit që do të përdoren për shkëmbimin e të dhënave ndërmjet sistemeve. Ekipet janë duke realizuar ndryshimet e fundit në lidhje me shkëmbimin e të dhënave midis sistemeve para përfundimit të integrimit.

Krahas sistemeve qeveritare EAMIS do të komunikojë dhe do të marrë projekte nga Partnerët për Zhvillim dhe nga Banka Botërore. Ekipet kanë filluar testimin e produktit për të dy sistemet dhe faza e tesimeve pritet të përfundojë në tetor 2019.

Nga ana tjetër, pritet që për disa partnerë zhvillimi dhe integrimi, të dhënat në lidhje me projektet e zbatuara në Shqipëri do të merren nga platforma IATI (Platforma e Transparencës së Ndihmës Ndërkombëtare). IATI po kalon një ristrukturim të API-t të tyre dhe të databazës dhe integrimi me këtë platformë do të rifillojë pasi të zhvillohet plotësisht API i ri.